Το Ίδρυμα Λίλιαν Βουδούρη ενίσχυσε συστηματικά και επί σειρά ετών, το έργο του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών, αναγνωρίζοντας το σημαντικό του έργο.
α)Το 1992, χρηματοδότησε την έκδοση μονογραφιών, με θέμα την Μακεδονία, προσφέροντας 41.000€.
β)Το 1999 χρηματοδότησε τη διοργάνωση του διεθνούς συνεδρίου Ευρωπαϊκού Ιδιωτικού Δικαίου, με ποσόν 12.000€
γ) Τη διετία 2008-2009, σε συνεργασία με το Κέντρο Ελληνικής και Ρωμαϊκής Αρχαιότητας, προσέφερε 30.000€ και συμμετείχε σε προγράμματα μετάκλησης ερευνητών, κυρίως Ελλήνων, από το Εξωτερικό στην Ελλάδα.
δ) Την ίδια διετία, ενίσχυσε το πρόγραμμα του Ινστιτούτου Νεοελληνικών Ερευνών, προσφέροντας 50.000€. Στο πλαίσιο του προγράμματος αυτού εκδόθηκαν 14 βιβλία.
ε)Το Ίδρυμα Λίλιαν Βουδούρη προσέφερε 35.000€ για τη διοργάνωση του Διεθνούς συνεδρίου Ιστορίας με θέμα «The Enlightment and Religion: The Orthodox World» που διοργανώθηκε στην Αθήνα από το Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών, στις 3-5 Δεκεμβρίου 2009.
